截至2017年，三门县有各类医疗卫生机构153个，其中医院数6家；年末实有床位数1607张，其中医院1087张；各类卫生技术人员2312人，其中医院1321人。全县有医生数986人，注册护士943人。年末每千人拥有卫生技术人员5.18人，其中医生2.21人。全县婴儿死亡率2.83‰，其中五岁以下儿童死亡率3.71‰。